1931年（昭和6年）に建設された教会で、正式名称はカトリック平戸教会です。 献堂40周年を記念して、平戸にゆかりのある聖フランシスコ・ザビエルの像を建ててから、聖フランシスコ・ザビエル記念教会、 平戸ザビエル記念教会とも呼ばれるようになりました。
カトリック長崎大司教区の平戸地区(平戸市・松浦市・佐世保市江迎町)における主管教会であり、 教会の保護者は大天使聖ミカエルです。

聳え立つ巨大な尖塔と淡い緑色の外観が印象的な教会で、高台に建っているので広い範囲からその姿を見てとれます。 教会へ向かう坂道には寺院が並び、石畳の坂道から “寺院と教会の見える風景” は平戸の代表的な景観となっています。
また教会としては珍しく、左右不対象な建築です。

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