天草のキリシタンは、徳川幕府の禁教時代にも「かくれキリシタン」として、ひそかに信仰を続けていましたが、 明治に入り禁制の高札が撤去され、再び布教が行われました。
天草キリシタン館では、そんなキリシタン信仰から、島原・天草一揆を通して見る歴史背景や関連資料などを展示しています。

館内は４つのゾーン（天草キリシタン史、南蛮文化の伝来と島原・天草一揆、乱後の天草復興とキリシタン信仰）に分かれており、 解りやすく解説されています。
また館内には国指定重要文化財である「綸子地著色聖体秘蹟図指物(りんずじちゃくしょくせいたいひせきずさしもの)」も展示されています。