天草コレジヨ館には、16世紀末に宣教師育成のために7年間存在した大神学校「天草コレジヨ」の開校 や天草本の出版など、16世紀以降に河浦の地に伝えられた南蛮文化の資料を展示しています。
特に日本初の活版印刷による天草本や、展示されているグーテンベルク印刷機(複製)は必見です。 他に 南蛮船模型、西洋古楽器の複製や、天正遣欧少年使節団の足跡をたどるビデオも見ることができます。

館内には立体絵本「ESOPO（イソポ）の宝箱」があります。 絵本「ESOPO」は、イソップ物語の作者と言われるイソップの生涯の物語を、 天草出身の造形作家 gajuさんによるオブジェと、 熊本市在住のカメラマン下曽山弓子さんの協力によって作られた本です。

また2階には「世界平和大使人形の館」があります。 「世界の平和はこどもから」という思いを抱いた園田天光光氏が、 100ヵ国に平和大使として日本人形を贈りました。 その返礼として57か国から117体の人形が届き、子供たちの幸せと平和を訴える民族衣装に身を包んだ人形たちが展示されています。