長崎県平戸市の生月島にあるカトリック教会で、 長崎県内や周辺各地で数多くの教会建築を手がけた鉄川与助の設計・施工によるロマネスク様式の教会堂です。
1909年(明治42年)に教会建設に着工、1912年(大正元年)に完成、献堂されました。 その後1970年(昭和45年)に改築・一部増築が行われています。

天井は木造のリブ・ヴォールト天井(こうもり天井)で、内部壁面には蝶の羽で作られた色鮮やかな装飾画が飾られています。 これは1990年頃に在任していた主任司祭が自ら蝶を採集して作り上げたものです。
祭壇の中央の十字架は聖地 ガスパル様 の墓に植えられていた松の木で作られた物です。

聖堂前にはファティマの聖母と、聖トマス西 列聖記念碑が建っています。 トマス西左衛門神父はガスパル西玄可の次男です。
父ガスパル西玄可とその妻、長男は生月の最初の殉教者となりましたが、 トマス西神父は1620年頃修道者となる為マニラに渡り、ドミニコ会のロザリオ修道院に入り、 1625年修道誓願を立て修道名をトマス・デ・サン・ハシントと言いました。
その後、聖トマス大学で神学を学び、1626年ドミニコ会最初の日本人司祭に叙階されました。
1629年に厳しい迫害さなかの長崎に上陸し、日本各地で迫害に苦しむ信者に秘跡を授けるなど献身しましたが、 1634年に長崎で捕えられ、拷問の末に殉教しました。
まさに信仰の証となったトマス西神父を、教皇ヨハネ・パウロ2世は1981年にフィリピンで他の15人の殉教者たちとともに列福しました。 1987年同教皇はこの殉教者たちを「聖トマス西と他殉職者」として日本人では125年ぶりにローマで列聖しました。